Shinji Ikari tiếp tục cuộc đời lạc lõng sau khi mất đi ý chí để sống tiếp, nhưng nơi mà cậu đặt chân tới đã dạy cậu biết, hy vọng là thứ đáng quý nhường nào. Cuối cùng, Dự án Hoàn thiện con người được khởi động, Shinji sẽ đứng dậy một lần cuối để chống lại Chấn Động Cuối Cùng.