‘Dị Nhân Bóng Tối’ xoay quanh hành trình trốn chạy và bảo vệ nhau của cặp anh em song sinh Joshua - Emma, khi bỗng một ngày Emma bộc phát năng lực đột biến, khiến cô trở thành mục tiêu săn đuổi của một tổ chức ngầm chuyên thí nghiệm về dị nhân.